Ontologija gena

Ontologija gena/Genska ontologija
SkraćenicaGO
Datum osnivanja1998.
VrstaBiološka baza ontoloških podataka
StatusAktivna
Glavno sjedišteSlobodni pristup
ČlanstvoGlobalno
JezikEngleski
Glavni organKonzorcij za ontologiju gena
Br. volonteraNeograničen
Veb-sajthttp://geneontology.org/

Ontologija gena (eng. Gene Ontology: GO) glavna je bioinformatička inicijativa za objedinjavanje zastupljenosti atributa gena i genskih proizvoda u svim vrstama.[1] Preciznije, cilj projekta je

  1. održavanje i razvoj svog kontroliranog rječnika gena i svojstava genskih proizvoda;
  2. označavanje gena i genskih proizvoda, te asimilacija i širenje podatke o bilješkama;
  3. pružanje alata za lahak pristup svim aspektima podataka predviđenih projektom i omogućavanje funkcionalne interpretacije eksperimentalnih podataka koristeći GO, naprimjer putem analize obogaćenja.[2][3] GO je dio većeg napora u klasifikaciji, Otvorene biomedicinske ontologije, jedan od prvih članova kandidata za OBO livnicu.[4]

Dok se označavanje gena fokusira na gene i genske proizvode, ontologija gena usredotočuje se na funkciju gena i genskih proizvoda. GO također proširuje napore koristeći jezik markiranja za izradu podataka (ne samo gena i njihovih proizvoda već i kuriranih atributa) mašinski čitljivih, i to na način koji je objedinjen u svim vrstama (dok se konvencije genske nomenklature razlikuju u zavisnosti od biološkog taksona).

  1. ^ The Gene Ontology Consortium (januar 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID 17984083.
  2. ^ Dessimoz, Christophe; Škunca, Nives, ured. (2017). The Gene Ontology Handbook. Methods in Molecular Biology. 1446. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1. ISBN 9781493937431. ISSN 1064-3745. S2CID 3708801. publikacija otvorenog pristupa - besplatna za čitanje
  3. ^ Gaudet, Pascale; Škunca, Nives; Hu, James C.; Dessimoz, Christophe (2017). "Primer on the Gene Ontology". The Gene Ontology Handbook. Methods in Molecular Biology. 1446. str. 25–37. doi:10.1007/978-1-4939-3743-1_3. ISBN 978-1-4939-3741-7. ISSN 1064-3745. PMC 6377150. PMID 27812933.
  4. ^ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (novembar 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nature Biotechnology. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687.

Developed by StudentB